Beim Ionenaustauschdünger sind die Düngestoffe in Form von Nährstoffionen in einem Kunststoffionenaustauscher eingelagert. Diese Kunststoffkügelchen werden vorzugsweise in der Hydrokultur eingesetzt. Als Ionenaustauscher geben sie nur so viele Düngerionen an das Wasser ab, wie sie an gleichartig geladenen, jedoch nicht von der Pflanze als Dünger verwendbaren Ionen aus dem Wasser aufnehmen können. Da die Pflanze ihrerseits Düngerionen aus dem Wasser aufnimmt und wiederum andere, von ihr nicht verwendete Ionen an das Wasser abgibt, entsteht ein fließendes Gleichgewicht der Ionenkonzentrationen. Eine Überdüngung wird somit vermieden, d. h. Ionenaustauschdünger kann als Langzeit- bzw. Vorratsdünger in größerer Menge verabreicht werden.